Kupiškio muzikos mokyklos istorija prasidėjo dar 1966 - tųjų metų rudenį. Vos įsteigtai mokyklai vadovavo Mindaugas Aižinas, o pirmosios mokytojos buvo: E. Aižinienė ir D. Vaitkienė. Į naujai atsidariusią mokyklą buvo priimta 60 mokinių. Veikė fortepijono ir akordeono klasės, vėliau vaikai jau galėjo mokintis groti smuiku bei pučiamaisiais instrumentais. Remiantis duomenimis jau 1970 m. muzikos mokykloje mokėsi per 100 mokinių ir dirbo 9 mokytojai.

    Bėgant metams mokyklos kolektyvą papildė nauji pedagogai bei gausus būrys mokinių, todėl senoji mokykla tapo ankšta. 1977 metais mokykla persikėlė į naująjį mokyklos pastatą, kuriame iki šiol vyksta muzikinė veikla. Atsiradus galimybėms muzikos mokykloje buvo įsteigtos naujos specialybės – kanklių, chorinio dainavimo bei gitaros. 1988 metais buvo įkurtas Kupiškio muzikos mokyklos dailės skyrius. Tuo metu mokyklai vadovavo Erika Mackelienė. Po metų Subačiuje buvo įsteigtas muzikos mokyklos filialas.

    Mokyklą baigė jau 40 absolventų laidų. Buvę mokiniai toliau gilina muzikines žinias Lietuvoje bei užsienyje. Be to gausus buvusių muzikos mokyklos mokinių dirba Kupiškio rajone. Nuo mokyklos atidarymo iki dabar muzikos mokykloje yra dirbę 58 pedagogai.

    Nuo 2009 metų mokyklai vadovauja Daiva Šakickienė, o mokykloje dirba 16 pedagogų bei mokosi daugiau nei 200 mokinių. Taip pat dailės skyriuje dirba 2 mokytojos ir gausus būrys mokinių.

                                       Kupiškio muzikos mokykla. Piešė Simona Čepukaitė